Die Einführung von Geschlechterdemokratie in einer Organisation ist ähnlich wie bei Gender Mainstreaming ein weit reichender Veränderungsprozess, der Ängste und Widerstände bei Führungskräften und Mitarbeitern auslösen kann. Eine gender-kompetente Beratung kann dabei helfen, Fehlentwicklungen und Konflikte zu vermeiden.

In Kooperation mit einem bundesweiten TrainerInnen-Netz unterstützt das Gunda-Werner-Institut bei der Entwicklung von Gender-Kompetenz: durch Gender-Beratung und Gender-Training. In zahlreichen Gender-Trainings und Beratungen im In- und Ausland wurde das Konzept seit 1997 eingesetzt und kontinuierlich verbessert.